Na sua grande maioria, os planos de trabalhos e atividades dos bolseiros são integrados em projetos de investigação financiados pela FCT. A política de convergência gradual dos instrumentos de apoio da FCT prevê que as bolsas de doutoramento devem, por regra, ser inseridas em programas de doutoramento e as bolsas de pós-doutoramento em projetos de investigação. Neste sentido, os Investigadores Responsáveis com projetos financiados nos concursos de 2012 e 2013 foram informados da possibilidade de revisão das rúbricas orçamentais de modo a contemplar custos com recursos humanos, nomeadamente bolsas de pós-doutoramento. A FCT manterá concursos nacionais de menor dimensão para apoio aos melhores candidatos cujos planos de investigação ou percurso de formação não se integrem, adequadamente, nos programas de doutoramento apoiados ou nos projetos de investigação em curso.